Di dunia yang dihuni makhluk-makhluk yang dikenal sebagai Kaiju, Kafka Hibino bercita-cita untuk bergabung dengan Pasukan Pertahanan. Ia berjanji untuk bergabung dengan teman masa kecilnya, Mina Ashiro. Tak lama kemudian, hidup membawa mereka ke jalan yang berbeda. Saat bertugas membersihkan sisa-sisa pertempuran Kaiju, Kafka bertemu Reno Ichikawa. Tekad Reno untuk bergabung dengan Pasukan Pertahanan membangkitkan kembali janji Kafka untuk bergabung dengan Mina dan melindungi umat manusia.
